据说，6世纪的查士丁尼瘟疫最严重的时候，拜占庭首都君士坦丁堡每天都有大约5000人死亡。根据历史学家的说法，携带鼠疫跳蚤的老鼠很可能是通过进口谷物的船只将这种疾病从埃及带到君士坦丁堡的。这场瘟疫的破坏持续了三个世纪，随后的一波又一波的疾病变得越来越弱，它很可能导致强大的东罗马帝国的垮台，因为它容易受到穆斯林军队的攻击。

　　半个多世纪后，一场类似的大流行肆虐了西欧。在13世纪40年代，臭名昭著的黑死病或淋巴腺鼠疫夺去了多达2000万人的生命。受害者的症状与罗马历史学家普罗科皮乌斯在描述早期鼠疫时所描述的相同:发烧、精神错乱、腹股沟、腋下和耳后出现神秘的黑色肿胀。

　　虽然查士丁尼瘟疫的影响与黑死病的影响明显相同，但研究人员长期以来一直无法清楚地确定它是哪种瘟疫。但在一项开创性的新研究中，一组德国科学家对6世纪德国墓地中发现的骨骼进行了深入分析，重建了导致查士丁尼瘟疫的病原体的基因组。他们发现，造成拜占庭帝国5000万人死亡的微生物是鼠疫耶尔森氏菌(鼠疫杆菌)，与导致黑死病的细菌相同。

　　这项发表在《分子生物学与进化》杂志上的新研究中使用的两具骨架，是半个世纪前从位于德国南部慕尼黑附近的鼠疫埋葬地Altenerding发掘出来的。研究人员从其中一具骸骨上——一名年龄在25岁到30岁之间的女性——取下一颗牙齿，提取出鼠疫杆菌样本，用来重建病原体的基因组。

　　据该研究的合著者之一米凯拉·哈贝克(Michaela Harbeck)说，在早期的一项研究中，北亚利桑那大学的微生物遗传学家戴夫·瓦格纳(Dave Wagner)领导的一个团队分析的骨骼只有几公里远。瓦格纳的研究将鼠疫杆菌与查士丁尼瘟疫和黑死病联系起来，这是基于对1500年前死于鼠疫的两名德国受害者的牙齿的分析。哈贝克和她的同事证实了这种联系，但得出的结论是，黑死病并不是直接来自早期的瘟疫;相反，它是由一种基因不同的鼠疫杆菌引起的。

　　在这项新研究中，研究人员完全重建了查士丁尼瘟疫背后的基因组，包括30个新发现的突变和结构重排，这些突变和重排是DNA细胞分裂和自我复制时发生的。他们重建的数据还表明，早期鼠疫背后的特定鼠疫杆菌菌株比以前认为的更具遗传多样性。

　　哈贝克的合著者迈克尔·费尔德曼在一份声明中说:“我们的研究证实，查士丁尼大瘟疫的影响范围远远超出了历史记载的受影响地区，并为鼠疫耶尔森氏菌的进化史提供了新的见解。”

　　科学家们希望他们的工作将有助于深入了解鼠疫的进化、适应和影响，鼠疫已经影响了人类大约5000年，并且今天仍在世界各地的一些地区继续影响着人类。近年来，马达加斯加、刚果民主共和国和秘鲁出现了疫情。根据世界卫生组织的数据，2015年全球报告了320例鼠疫病例，其中77例死亡。